Правильно: в городе Пушкине.
Первая часть сложных слов вело... пишется слитно: велопешеходная дорожка.
Название Худжанд склоняется: в Худжанде, из Худжанда. В сочетании с родовым словом это название можно оставить несклоняемым, т. к. оно является не самым известным (не исключено, что при склонении у читателя возникнет вопрос: в городе Худжанде – это город Худжанд или город Худжанда?).
Верно: Дорогие коллеги Дмитрий и Зоя! Поздравляем вас с... Возможный вариант: Дорогие коллеги Дмитрий и Зоя, поздравляем вас с...
Постановка запятой не требуется.
Если сложносоставной топоним представляет собой русское или давно освоенное название, в косвенных падежных формах его первая часть должна склоняться. Правильно: из города Белгорода-Днестровска.
Согласно словарям, ударение в косвенных падежных формах падает на окончание:
Словарь имён собственных
Правильно: Байрейт.
В Елизове, из Елизова, горжусь Елизовом и т.д.
Дефис не нужен. Частица таки пишется через дефис с предшествующим глаголом (вернулся-таки), наречием (довольно-таки, прямо-таки) и в словах всё-таки, так-таки. В остальных случаях верно раздельное написание.