Правильно: [мэ; нэ].
Все-таки, то-то вот и есть – это частицы. Частицы определяются по значению и функции в предложении. В сложных случаях нужно обращаться к словарям и грамматикам. О частицах можно прочитать в учебнике Е. И. Литневской «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников», в «Русской грамматике»1980 г. Служебным словам посвящен «Объяснительный словарь русского языка. Структурные слова: предлоги, союзы, частицы, междометия, вводные слова, местоимения, числительные, связочные глаголы» под ред. В. В. Морковкина (изд. 2-е, испр. М., 2003).
Вероятно, разница в том, что слово коронавирус русский язык заимствовал, а сочетание папиллома-вирус образовалось в русском языке соединением самостоятельно существующих слов.
Видимо, Вы имели в виду, что перед звуком [э] там, где Вы ожидаете услышать мягкий согласный, произносят твердый. Например, не [м'э]сси, а [мэ]сси.
Тенденция заключается как раз в обратном. Русский язык заимствует из других языков слова с твердым согласным перед [э], например: тент, теннис, тенденция. Но русским словам произнесение твердого согласного звука перед [э] не свойственно. Во всех исконных словах перед [э] произносится мягкий согласный.
Заимствованные слова постепенно меняют свое произношение, встраиваясь в фонетическую систему принявшего их языка. Во многих словах, в которых изначально на иностранный манер произносилось сочетание «твердый согласный + [э]», согласный смягчается. В результате фонетического освоения слова сейчас мы произносим: [д'э]фект, [т'э]рмометр, ши[н'э]ль. Изменения в языке никогда не происходят одномоментно, один вариант сменяется другим постепенно, на протяжении жизни нескольких поколений. Поэтому сейчас мы порой наблюдаем колебания в произношении: как нормативные в современных словарях фиксируются варианты [д'э]рматит и [дэ]рматит, [д'э]по и [дэ]по, [с'э]рвер и [сэ]рвер.
Имя Лионеля Месси еще осваивается русским языком, поэтому колебания в произношении вполне естественны.
Написание заимствованных слов тоже подчиняется правилам русской орфографии. Эти правила фиксируются в специальных справочниках. См., например: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник (Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006 и более поздние издания). Кроме того, нормативное написание слов (в том числе заимствованных) закрепляется в словарях. Академический орфографический словарь, наиболее полно отражающий словарный состав современного русского языка, – это Русский орфографический словарь РАН (Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. 4-е изд., испр. и доп. М., 2012). Толковый словарь русского языка С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой – тоже очень авторитетное издание, пренебрегать им не следует.
Слово дефис уже давно вошло в русский язык, и написание его закреплено многими словарями. См., например, здесь. Обратите внимание Вашего друга, что произношение [дэ]фис хотя и допустимо, но предпочтительно произносить это слово по-другому – с мягким Д.
Мы согласны с Википедией:
При употреблении названия в русскоязычных текстах пока нет %28%D0%BB%D0%B8%D0%BD%D0%B3%D0%B2%D0%B8%D1%81%D1%82%D0%B8%D0%BA%D0%B0%29">устоявшегося перевода. Часто используют один из трёх вариантов:
- оригинальное написание латиницей;
- транскрипция «Биткойн», соответствующая правилам %D0%BF%D1%80%D0%B0%D0%BA%D1%82%D0%B8%D1%87%D0%B5%D1%81%D0%BA%D0%B0%D1%8F%D1%82%D1%80%D0%B0%D0%BD%D1%81%D0%BA%D1%80%D0%B8%D0%BF%D1%86%D0%B8%D1%8F">англо-русской практической транскрипции, используемой для передачи английских собственных имён, а также других лексических единиц, непосредственно заимствуемых из английского языка (например, терминов), для которых не существует исторически сложившейся (традиционной) передачи на русский язык; применён в заявлении %D0%A0%D0%BE%D1%81%D1%81%D0%B8%D0%B8">Банка России;
- транслитерация «Биткоин», соответствующая правилам %D0%B0%D0%BB%D1%84%D0%B0%D0%B2%D0%B8%D1%82%D0%B0%D0%BB%D0%B0%D1%82%D0%B8%D0%BD%D0%B8%D1%86%D0%B5%D0%B9">транслитерации русского алфавита латиницей, применённым в обратном порядке; используется в русской локализации программы и на официальном сайте.