1. Перед нами пример возникающего в диалоге феномена отраженной речи, к которой относится не только цитирование реплики собеседника, но и интеграция фрагментов высказывания собеседника в собственное высказывание. Примеры второго типа — а в данном случае именно такой пример, поскольку в интегрированном высказывании другое лицо (второе), нежели в исходной реплике (первое), — не описаны в справочниках по пунктуации. По своей структуре рассматриваемая реплика представляет собой бессоюзное сложное предложение, первая часть которого содержит глагол с незамещенной синтаксической позицией. В таких предложениях эталонным знаком является двоеточие, например: Я тебе определённо скажу: у тебя есть талант (Ф.). Однако интонационный рисунок высказывания с отраженной речью несколько другой, поэтому рекомендуем поставить между частями тире (оно и в целом допускается правилами как замена двоеточия, см. примечание 2 к параграфу 129 справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Добавим, что рассматриваемое предложение вопросительное (представляет собой удивленный или возмущенный вопрос), поэтому нужно поставить соответствующий знак конца предложения — вопросительный знак либо сочетание вопросительного и восклицательного знаков, например:
— Я не хочу идти с тобой.
— Что значит — ты не хочешь идти со мной?!
2. Ряд вопросов, комментирующих содержание высказывания, вполне уместно представить в виде вставной конструкции, но лучше оформить ее в скобках. Поскольку это часть одного предложения, вопросы начинаются со строчной буквы: В тот день, когда она находилась дома (а точно ли находилась? кто-то проверял? она может представить доказательства?), всё и произошло. Обратите внимание, что со словом доказательства лучше использовать глагол представить.
Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.
Верно без запятой: Напомни, пожалуйста, Нине про смену и чтобы она часы проставила мне. Здесь действует правило, приведенное в справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина:
Запятая между главной частью и придаточной, присоединяемой простым союзом или союзным словом, не ставится: (...)
г) если придаточная часть, благодаря союзам и, или, включается в ряд однородных членов: Во время работы и когда вышел фильм, я не очень-то разобрался в нем (газ.); И вспомнил незабвенный «Фрегат «Палладу» и как Григорович вкатился в Париж лет восемьдесят назад! (Булг.); Ему вдруг захотелось тепла и чтоб зима тоже была теплая (Ард.); Приезжай через неделю или когда тебе захочется.
Тире ставится перед словом значит, присоединяющим составное сказуемое к подлежащему (в предложениях указывается на равносильность, равновесность или идентичность того, что обозначено подлежащим, и того, что обозначено сказуемым): Совсем — значит полностью, до конца. Симпатичный — значит милый или красивый. В течение — значит в определённое время.
У союза чтобы два значения — целевое и изъяснительное. Во втором значении он может употребляться с соотносительным словом тот (то) в главной части, что мы наблюдаем в приведенном примере: Цель проекта заключается в том, чтобы дать возможность...
Названия в сочетании с родовым словом заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы; имя собственное в составе названия тоже пишется с прописной: узор «Принц Уэльский».
Это корректный прием проверки. Слово наконец-то действительно не используется в качестве вводного, и в контекстах, в которых возможна замена наконец на наконец-то, слово наконец также не вводное.
В сочетании со словом зеркало возможно и слитное, и раздельное написание.
Благодарим Вас за доверие, какого заслуживают только мастера кулинарного искусства. Нам приходилось встречаться с филе говядины и говяжьим филе. Предлог из употребляется с названиями приготовленных из говядины блюд, например со словом паштет (паштет из говядины). Предполагаем, что слово филе к такому разряду слов не относится.