Ваши предположения верны: после слова третьего нужно поставить запятую. Названия районов, областей и т. д., обозначающие местонахождение поселков, деревень и т. д., относятся к уточняющим обстоятельствам, см. параграф 22.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
Да, этот корень можно отнести к чередующимся. См. ответ на вопрос № 267619.
Без родового слова село корректно склонение только второй части наименования: в Ключи-Булаке.
Это не так.
В «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой указано, что названия станций и портов не согласуются с родовыми наименованиями: на железнодорожную станцию Емца.
Воспользуйтесь, пожалуйста, ресурсом «Проверка слова».
Запятая перед и не нужна.
