С точки зрения системы современного русского языка слова «пчела» и «бык» не однокоренные. Однако исторически они восходят к одному корню и образованы от глагола «бучать» – жужжать, мычать (по этимологическому словарю М. Фасмера). Согласно этимологическому словарю Н.М. Шанского, бык – «производное от звукоподражания той же основы, но с перегласовкой (бы – бу – бъ), что в букашка, пчела». Пчела, по тем же источникам, образована от старославянского «бъчела», восходящего к основе «бучать».
Можно перефразировать: по команде каждый из трехсот пятидесяти молодых лейтенантов... и дальше в ед. числе.
См. раздел Глухие и звонкие согласные звуки в учебнике Е. И. Литневской.
Вы правы, разные падежи используются в утвердительной и отрицательной конструкции (с некоторыми глаголами).
Корни: -доход- и -зна-.
Права. Мужские фамилии, которые оканчиваются на согласный (неважно – твердый или мягкий), надо склонять.
Эти сочетания пишутся строчными буквами.
Если автор относит союз чтобы не только к части у каждого сотрудника были все необходимые права для работы, но и к части ничего лишнего, то запятая не нужна. Оценить уместность такого понимания можно только с учетом контекста.
Обособление оборота с согласно факультативно (запятые необязательны).