Название при словах городской округ обычно не склоняется: городского округа город Михайловка. Закрепившееся несклонение можно объяснить тем, что подобные сочетания с обозначением типа муниципального образования характерны исключительно для официальных документов, для канцелярско-бюрократического языка (невозможно представить себе в живой речи что-то типа Живу в городском округе город Михайловка). А в канцелярских текстах несклонение топонимов в функции приложения очень распространено.
Правильно: Утерянный паспорт, выданный УВД города Ноябрьска Ямало-Ненецкого автономного округа Тюменской области.
Название склоняется: в Миассе, в г. Миассе. О склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Правильно: панорама города Пятигорска.
Корректно: на площади (города) Ханты-Мансийска.
Корректно: уроженец Вологды. В канцелярской речи: уроженец города Вологды.
Верно: города Тирасполя.