Наталия и Наталья – это варианты одного и того же имени. С юридической точки зрения важно, чтобы во всех документах конкретного человека написание было единообразным (либо только Наталия, либо только Наталья).

Правильно: принадлежащие Наталье Ивановне (если в именительном падеже – Наталья) и принадлежащие Наталии Ивановне (если в именительном падеже – Наталия).

Написание каждого слова в названии организации с прописной буквы, разумеется, нарушает орфографическую норму русского языка. Конечно, если в таком виде (каждое слово с прописной) название уже зафиксировано в уставных документах организации, то в деловой документации, связанной с  деятельностью компании, такого написания надо придерживаться. Но в другого рода текстах (в том числе в газетной статье, посвященной данной организации) следует руководствоваться правилами русского правописания и писать: Инженерный центр новых технологий.

Обособление не требуется.

Да, согласно грамматическим нормам русского языка Ваша фамилия склоняется. Проблем быть не может, т. к. склонение фамилий – это вопрос грамматики, а написание фамилий – вопрос орфографии; юридические казусы возникают именно из-за орфографически спорных ситуаций, когда имя, отчество, фамилия неодинаково пишутся в разных документах: Наталья или Наталия, Геннадьевич или Геннадиевич, Чернышёв, Чернышев или Чернышов и т. п.

Правильно: выдано Анастасии, выдано Наталии (но, если в именительном падеже Наталья, правильно: выдано Наталье).

Правильно: Наталье (но: Наталия – Наталии).

Корректны первые два варианта (с тире).

Правильная форма дательного падежа: Наталии (от Наталия) и Наталье (от Наталья).

Общезначима такая точка зрения на правописание русских писателей 19-го века, согласно которой писатели как раз и были стихийными "авторами" норм. Современные правила правописания являются в большой степени итогом работы русских писателей со словом.