Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.

Корректно: мэр Москвы, мэр города Москвы.

Правильно: из города Москвы. См. «горячий вопрос» номер три.

В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.

Правильно: дорога асфальтирована. 

Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.

Академические словари в своих рекомендациях не расходятся. «Русский орфографический словарь» под ред. В. В. Лопатина (М., 2012) и словарь «Прописная или строчная?» В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой (М., 2011) фиксируют: Белый Бим Черное Ухо, Муха-цокотуха.

Первое написание соответствует правилу: «С прописной буквы пишутся нарицательные слова, выступающие как названия персонажей в сказках, пьесах, баснях и некоторых других произведениях художественной литературы, фольклора, напр.: Красная Шапочка, Змей Горыныч, Серый Волк, Синяя Борода, Дед Мороз, Петушок со Шпорами...»

По этому же правилу пишется имя персонажа в сказке К. И. Чуковского Муха. Но к нему добавляется приложение – имя нарицательное цокотуха 'тараторка, трещотка'. Ср.: Рокфеллер-старший, Дюма-сын; Илья-пророк, Николай-угодник; Иван-царевич, Иванушка-дурачок.

Главный ориентир в области правописания – академические орфографические словари и справочники. Рекомендации по написанию слов орфографического словаря на нашем портале соответствуют академическим. 

С большой буквы пишется только первое слово.

Географические названия среднего рода, оканчивающиеся на -е, чаще не склоняются в сочетании со словом город: у города Межгорье.