Собственно, вий и кий - исключения не нашего авторства (об этом см. в Полном академическом справочнике "Правила русской орфографии и пунктуации"). См.: http://orthographia.ru/orfografia.php?sid=38#pp38 В остальном написание соответствует рекомендациям Розенталя (методика объяснения - да, отличается).

Никакого исключения нет. Двойная фамилия склоняется как две отдельные фамилии. В данном случае  по правилу склоняется только первая часть: стихи Щепкиной-Куперник.

Запятая не нужна. Оборот с союзом как в значении 'в качестве' не обособляется, в том числе если является приложением, характеризующим предмет. Ср.: Читающая публика успела привыкнуть к Чехову как юмористу (Фед.).

1. Написание зависит от стиля текста. Если текст нейтрального стиля, кавычки нужно поставить. При передаче на письме непринужденной разговорной речи можно писать без кавычек.

2. В таком значении слово начинка следует писать в кавычках. Исключение – специальные технические тексты, где слово начинка в этом значении используется часто и привычно для читателей.

Это техническая ошибка. Исправили. Спасибо!

Да, согласный м в этом слове произносится мягко: Ко[м'и]нтерн.

Слово кофе пришло к нам во времена Петра I вместе с самим напитком. Как это часто бывает с новыми словами, у него было поначалу несколько вариантов написания и произношения, и со временем наиболее употребительными стали формы кофий и кофей, возникшие под влиянием слова чай (выпить кофея как выпить чая). Эти формы, разумеется, были мужского рода (кстати, в русском языке и сейчас есть слово кофеёк мужского рода). Под их влиянием и слово кофе приобрело мужской род.

Другое дело, что в отличие от слов кофий и кофей существительное кофе несклоняемое. Вы правы: несклоняемые неодушевленные существительные иноязычного происхождения, оканчивающиеся на гласную, в русском языке в подавляющем большинстве случаев относятся к среднему роду, исключения единичны. Поэтому кофе и стремится стать существительным среднего рода. И это нормальный языковой процесс, в истории русского языка есть много примеров того, как слова меняли родовую принадлежность, достаточно назвать хотя бы слово метро, которое было мужского рода (под влиянием существительного метрополитен), а стало среднего.

Но слову кофе «не повезло»: оно попало в тот небольшой список слов (кофе, договор, звонит...), к которым приковано общественное внимание и изменение нормы в которых воспринимается носителями русского языка как признак его «деградации», «порчи» и т. д. Такое негативное отношение образованных носителей языка к этому варианту влияет на его кодификацию: варианты черный кофе и черное кофе пока не признаются равноправными. В словарях мужской род слова кофе дан как строгая литературная норма, а средний род – как допустимое разговорное употребление.

В слове мелочовка буква о пишется в суффиксе -овк-. В слове дешёвка буква ё пишется в корне по общему правилу: буква ё пишется в тех корнях русских слов, где ударному звуку соответствует в других однокоренных словах или формах гласный (ударный или безударный), передаваемый буквой е: дешёвка, дешёвый – дешевле, дешеветь.

Слово високосный происходит от искаженного латинского bissextus – «дважды шестой», т. е. год с двумя шестыми числами перед мартовскими календами в летоисчислении древних римлян. Со словом высоко прилагательное високосный никак не связано, букве ы в нем неоткуда было взяться.

Приставка контр... пишется слитно, исключение составляет только слово контр-адмирал. Слово контроперация тоже надо писать слитно. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.