В данном случае перед нами пояснительный оборот, не сопровождающийся пояснительными союзами типа то есть, а именно. Такие обороты выделяются с помощью тире; двоеточие при них может быть поставлено только в случае, если поясняются информативно недостаточные слова главное, одно и т. п. (см. параграф 82 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Как выяснилось в данном случае вводное сочетание, не образующее тесной связи с союзом а (сравним: Глеб боялся начальника, а это было излишне). Вводные сочетания выделяются с двух сторон запятыми: Ещё вчера Глеб боялся начальника, а, как выяснилось, это было излишне: шеф был неконфликтным, даже вроде готовым пойти на уступки.

В слове два суффикса — -ифик- (с чередованием к/ц)  и -ациj-. Суффиксы  выделяются при сопоставлении, например, таких слов:

1. электрификация — электрифицировать

    агитация — агитировать

2. электрификация — электричество

    газификация — газ

Дело в том, что морфемный разбор делают в школе, а там понятие морфа не вводится, морф и морфему не различают. Более того, само понятие морфемы для школы относительно новое. Загляните в учебники: во многих из них предлагается выполнить даже не морфемный разбор, а разбор слова по составу. При этом понятие морфемного разбора вряд ли можно признать неправильным. В слове выделяются морфы как представители морфем. Для этого морфы данного слова должны сопоставляться с морфами тех же морфем в других словах. То есть при разборе слова по составу (по морфам) мы от «морфного» уровня неизбежно поднимаемся на морфемный. 

Для вводных слов, стоящих в начале или в конце обособленного оборота, действительно есть особое правило. Оно изложено в параграфе 93 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). По этому правилу знаки препинания в предложении должны быть расставлены так, как в материалах, на которые Вы ссылаетесь: Посреди поляны росло большое дерево, судя по всему вяз. 

Для постановки двоеточий в этом предложении нет оснований. Уточняющие обстоятельства выделяются парными знаками, обычно запятыми: Жить как Данко, ради общества, или как Ларра, только для себя. 

Возможен также вариант с обособлением сравнительных оборотов: Жить, как Данко, ради общества или, как Ларра, только для себя. В этом случае обстоятельствами, непосредственно относящимися к глаголу жить, будут сочетания ради общества и только для себя.

Запятые расставлены правильно. Приложения, стоящие после определяемого слова, независимо от передаваемого ими значения разделяются запятыми и обязательно выделяются.

В этом ряду каждый последующий элемент ограничивает предыдущий, то есть является его уточнением. Уточняющие члены предложения выделяются запятыми. 

Сочетание сторонник критического рационализма является приложением к подлежащему я. Приложения при личном местоимении всегда выделяются запятыми. В данном случае есть и дополнительный фактор обособления: приложение имеет дополнительное значение причинности ('поскольку я сторонник критического рационализма, я считаю любые постулаты потенциально ошибочными').

Сочетание автомобильного бензина и дизельного топлива играет поясняющую роль при сочетании маржинальной продукции. Пояснительные конструкции выделяются парными знаками — тире или запятыми. Значит, в указанном месте нужно поставить второе тире.