Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.
Первая запятая возможна: обороты по условиям (чего-либо) могут обособляться с целью интонационно-логического выделения (решает автор текста). Вторая запятая не нужна.
В обеих формах ударение падает на окончание (на конечное -а).
Возможны варианты в зависимости от смысла: В состав новой реконструирующей биомаски... (была старая реконструирующая биомаска); В состав новой, реконструирующей биомаски... (до этого не имелось реконструирующих биомасок, а новая биомаска еще и реконструирующая).
Нужно тире только в первом примере.
Кавычки не используются.
Да, можно.
См. вопрос 232343.
Верно написание с пробелом: по душе.
Запятая не ставится, поскольку сказуемое без сравнительного оборота лишено смысла.