Если от автора не требуется жестко следовать определенному речевому стандарту, клише, то, конечно, синонимы только обогатят текст, облегчат его восприятие читателем.

Археологический заповедник, названный по географическому объекту, должен сохранить написание исходного названия. Если слово могила (как местный термин) входит в название географического объекта, то оно записывается с прописной буквы (подробнее об этом см. в правилах употребления прописных и строчных букв в географических названиях, § 1). Таким образом, написание названия заповедника с двумя прописными буквами обоснованно. 

Оформление библиографических данных вне ситуаций, когда предписано выполнять требования соответствующих ГОСТов, не регламентируется. Авторов можно указать и до, и после названия, выбор обуславливается контекстом. Между именами двух авторов можно поставить запятую или союз и. А вот точку или запятую между именем автора и названием ставить не нужно.

Да, у многоточия в русском письме несколько функций. Внутри предложения многоточие может использоваться для передачи прерывистого характера речи, для передачи затрудненности речи, для указания на несовместимость значений слов, на необычность, алогичность их сочетания. Но такое употребление многоточия встречается, как правило, в художественных текстах или в публицистической речи, в то время как употребление многоточия для обозначения пропуска слов при цитировании характерно для научного стиля.

Корректно: Организационные и правовые особенности деятельности органов внутренних дел в особых условиях (в рамках специальных правовых режимов).  

Правильно: затрапе́зный. В Метасловаре ошибка, обязательно исправим.

Если это фамилия, то ударение может падать на любой слог,  это определяет носитель фамилии (или автор текста, если речь идет о персонаже). Но, конечно, в рамках одного произведения ударение в фамилии меняться не должно :)

В русском языке женские личные имена, в том числе и корейские, оканчивающиеся на -а или -я, как правило, склоняются, то есть правильный вариант — подойти к Чон Соне.

Если хотите сохранить аутентичность, можно в тексте добавить сноску или пояснение, что имя состоит из двух иероглифов с определённым значением, но с точки зрения русского языка склонение имени оправданно и привычно.

Большая.

А если интересны подробности, то прочитайте книгу М. В. Панова «И все-таки она хорошая. Рассказ о русской орфографии» 1964 г. Пользе орфографии будет посвящен один из ближайших выпусков передачи «Игра слов». 

Да, по правилам: Карл-Маркс-Штадт (т. к. штадт не употребляется в русском языке как нарицательное существительное). Ср. в книге А. В. Суперанской «Ударение в собственных именах в современном русском языке» (М., 1966): Карл-Маркс-Штадт.

Корректно раздельное написание: не учтенные на стеле братской могилы. Наличие зависимого слова свидетельствует о том, что перед нами не прилагательное (например, неучтенные расходы), а причастие (например, не учтенные в книге расходов суммы).