Корректно: со всей России, по всей России.
Оба сочетания правильные, однако они различаются по смыслу.
Если авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение, то они начинаются с прописной буквы («Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, примечание 2 к параграфу 48), поэтому корректно: «До встречи!» — Он погладил ее по волосам.
Грамматически корректно: МБОУ Новоусманская СОШ № 5, расположенное... Определение согласуется с аббревиатурой МБОУ. Обратите внимание: название школы после аббревиатуры правильно было бы заключить в кавычки, однако если уставом школы закреплено название без кавычек, то в официальных документах его придется воспроизводить.
В разговорной речи: предложения по проекту. Нейтрально: предложения, касающиеся проекта.
Верно - с предлогом ДЛЯ.
Возможны варианты: каждый боец имел по три светошумовые(ых) гранаты.
Верно: надеты поверх сапог.
Существительное занятие, обозначающее форму спортивной или какой-либо активной практической деятельности, сохраняет то же управление, что и глагол заниматься: заниматься йогой, аэробикой и пилатесом, занятия йогой, аэробикой и пилатесом. Предлог по обычно используют в сочетаниях с наименованиями учебных предметов, подразумевающих и их теоретическое освоение; ср. занятие по физике, по русскому языку.
Да, сочетание выделяется запятыми как вводное, если используется для указания на различные источники информации.