Это лексическая ошибка — неправомерная замена компонента фразеологизма.
В аббревиатурах традиционно произносят «эл»: [вэ-эл-ка-эс-эм], [вэ-ха-эл], [жэ-зэ-эл]. Но название буквы – «эль».
Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.
Кавычки не нужны.
Верно: вооруженные силы, но Вооруженные Силы РФ.
Буква ы после ц пишется только в суффиксах ын и ыва (царицын, подклацывать). В остальных случаях пишется и. Написание обусловлено заимствованным характером морфем с и.
Правописание проверяется в словарном порядке.
Да, такое бывает в заимствованных словах и производных от них: например, сёрфинги́ст, сёгу́н, кёнигсбе́ргский.