Из такого построения предложения не ясно, кем обозначена главная задача — митрополитом Иоанном или кем-то другим. Сооветственно, невозможно дать определенный ответ о необходимости указанной запятой. Если «действующие лица» двух частей предложения разные, то запятая нужна, если одно и то же — не нужна.

По правилам в наименованиях с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Правильно: корабль «Черная жемчужина», шхуна «Полярная звезда».

Обособление нужно: деепричастный оборот, находящийся после союза или союзного слова, отделяется от него запятой (союзы не включаются в деепричастный оборот). Правило приведено в параграфе 68 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.). Об обособлении деепричастного оборота после союза в начале предложения см. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» Д. Э. Розенталя, параграф 20.2.

Знаки препинания в предложении расставлены корректно.

Составной союз для того чтобы в начале предложения (то есть когда придаточная часть сложноподчиненного предложения находится перед главной) не расчленяется: Для того чтобы начать игру, вам предстоит выбрать помощника.

Оборот с союзом как не выделяется запятыми при передаче значения 'в качестве': Я как бывший директор прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд. Но запятые ставятся, если усматривать здесь значение причины (понимаю, потому что был директором): Я, как бывший директор, прекрасно понимаю, какой это тяжелый труд.

Запятая нужна, она разделяет части сложного предложения: Отец признавался, что однажды уронил первенца, но не в чан с зельем, а в озеро, и тогда уже сын удивил его выдержкой и храбростью.

Запятая после их не нужна. Слова дармовитость в литературном языке нет.

Оборот со словами несмотря на может не обособляться только в случае, если он стоит непосредственно после глагола: Он это сделал несмотря на запрет врачей. В приведенном предложении оборот обособлен верно.

Корректор прав. Кемерово – существительное среднего рода. Если существительное обозначает географический объект, то его род определяется родом слова, которое обозначает тип объекта (город, река, озеро и т. д.) – такое правило, действительно, существует, но касается только несклоняемых существительных (Тбилиси мужского рода, так как это город, Миссисипи женского рода, так как это река). Кемерово – изменяемое слово (в Кемерове, из Кемерова). Ср.: Москва – слово женского рода, хотя это тоже город.