Здесь первая часть сложных слов видео... присоединяется к пишущемуся через дефис слову конференц-связь. Обычно первая часть сложных слов видео... пишется слитно (видеоролик), но, если вторая часть слова уже содержит дефис, слитное написание заменяется дефисным. Так и возникает написание с двумя дефисами видео-конференц-связь.

Верен второй вариант.

Обособление не требуется.

Наречное выражение в первую очередь не требует выделения запятыми.

Верно: медосмотр будет проходить в первом корпусе школы.

Варианты в первые три дня и первые три дня стилистически равноправны.

Представляется, что запятая перед и не нужна. Ее отсутствие подчеркнуло бы стремительность действий: быстро появилась туча и сразу пошел дождь. Первая часть (Но только мы подошли к лесу) вполне может быть осмыслена как общая для второй и третьей. 

Другая интерпретация смысла (Но только мы подошли к лесу, вдруг набежала синяя тучка, и [через некоторое время, потом] из неё посыпался частый крупный дождь) кажется маловероятной. 

Правильно строчными: интернет-публикации. Раньше было четкое разделение: Интернет при самостоятельном употреблении – с прописной (доступ к Интернету), интернет- как первая часть сложных слов – со строчной (интернет-сайт). Сейчас и при самостоятельном употреблении возможно написание интернет со строчной: доступ к Интернету и доступ к интернету. Как первая часть сложных слов интернет- по-прежнему пишется только со строчной.

Да, сегодня нормативным является написание Вторая мировая война. Пункт «Правил русской орфографии и пунктуации», в котором говорится о необходимости писать первая мировая война, вторая мировая война строчными буквами, устарел и не соответствует современной письменной норме (рекомендация писать эти сочетания строчными во многом была обусловлена идеологическими причинами); сегодня словари фиксируют Первая мировая война, Вторая мировая война.

Отличие в том, что здесь нет сочетаний с приложением. Здесь первая часть сложных слов видео... присоединяется к пишущемуся через дефис слову конференц-связь. Обычно первая часть сложных слов видео... пишется слитно (видеоролик), но, если вторая часть слова уже содержит дефис, слитное написание заменяется дефисным. Так и возникает написание с двумя дефисами видео-конференц-связь. Т. е. корректирующее правило здесь уже применено.