Тире не ставится.
Запятая ставится.
Ошибок в предложении нет.
Вы написали верно: с двумя не.
Слова про машинки могут выступать в роли пояснения («та игра, а именно игра про машинки») и обособляться: Из готовых работ пока имеется та игра, про машинки, с урока информатики.
Но это необязательно. Если пояснительной интонации нет, то запятые не нужны: Из готовых работ пока имеется та игра про машинки с урока информатики.
Да, ставится: В суп сгодится всё, что есть.
Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.
При передаче цифрами количественных числительных наращения не добавляют. Подробнее о правилах написания наращений см. в «Письмовнике».
Корректная пунктуация: И он продержался долгих десять секунд, прежде чем как можно небрежнее поинтересовался...
Предпочтительно тире: компания – оператор проекта.
