В этом случае следует использовать тире.
Правильно: стоун-терапия. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. М., 2012.
Корректны оба варианта.
В обоих случаях не следует писать раздельно, так как при определении есть зависимое слово фактически.
Вы смешиваете синтаксическую роль (в данном случае это действительно приложение) и синтаксическую связь (здесь это примыкание).
Знаками препинания (в данном случае - двумя тире) выделяется пояснительный оборот (поясняется, кто именно эти мальчики).
Дополнительные знаки препинания не требуются: сравнительный оборот тесно связан по смыслу со сказуемым.
В конце XVIII века в русском языке начался интересный процесс, продолжающийся до сих пор: у глаголов на -ить в личных формах ударение стало смещаться ближе к началу слова. Какие-то глаголы уже прошли этот путь: было варИшь – стало вАришь, было дарИшь – стало дАришь, было грузИшь – стало грУзишь, какие-то – только начали движение в эту сторону. То же самое происходит, кстати, с глаголом звонить, к которому неизбежно приковано общественное внимание. Он подчиняется общей языковой тенденции, поэтому рано или поздно вариант звОнишь (запрещаемый сейчас) обязательно станет нормативным (и дело здесь не в «массовой безграмотности», а в законах развития языка).
Глагол включить проходит тот же путь. Сейчас литературная норма – включИт (и включЁн) во всех значениях, но в вышедшем в 2012 году «Большом орфоэпическом словаре русского языка» ударение вклЮчит (и вклЮчен) уже дано в качестве допустимого (правда, пока это единственный словарь, который разрешил так говорить).
Что касается связи между ударением и значением, то в некоторых глаголах на -ить, где ударение сместилось ближе к началу слова, варианты «разошлись» по значениям: кОсит траву – косИт глазами, чИнит карандаш – чинИт препятствия. Произойдет ли такое с глаголом включить, пока сказать сложно. Сейчас, как сказано выше, предпочтительно включИт, включЁн во всех значениях.
Само по себе это выражение не требует постановки знаков препинания. Оно обособляется, только если этого требует строй предложения.
Скорее всего, это недосмотр редакторов словаря. Отправим им Ваш вопрос.
