1. ..пропорционально объему фактически (НЕ)оказанных муниципальных услуг.
2. ..исходя из количества фактически (НЕ)выполненных работ.
В обоих случаях не следует писать раздельно, так как при определении есть зависимое слово фактически.
Последние ответы справочной службы
Это тире при именительном темы, тесно связанном с основным предложением с помощью сочетания вот какая.
Страница ответаДля постановки запятой нет оснований.
Страница ответаЗапятая перед союзом но ставится в любом случае.
Страница ответа