Позвонить, что — это, безусловно, ненормативная конструкция. Союзом что во всех примерах вводятся изъяснительные придаточные, а такие придаточные всегда распространяют слово (чаще всего глагол) со значением речи, мысли, чувства, волеизъявления (это основные группы). Такое слово может управлять не только придаточным, но и обычным дополнением: сообщить (почувствовать, подумать...) (что? о чем?) одну любопытную вещь (об одной вещи). Глагол позвонить таким управлением не располагает (невозможно *позвонить что или о чем), поэтому попытки присоединить к нему изъяснительное придаточное находятся за пределами нормы.

А вот глаголы телеграфировать и написать могут иметь как дополнение (такое дополнение называют делиберативным), так и изъяснительное придаточное, поэтому два последних примера вполне нормальны.

Можно, это не запрещено.

Корректно в кавычках: Начав обучение на направлении «физика», можно без труда перевестись на «биологию» или «химию» и получить диплом в этой области. 

Здесь лучше поставить определение в форму множественного числа: ежедневные сбор, обновление и ведение электронных данных, т. к. при единственном числе неясно, связано ли определение только со словом сбор или со всем рядом однородных членов.

Корректно: О назначении ответственных за составление и ведение Табеля учета использования рабочего времени.  

Слово комиссия нужно писать с заглавной буквы, если оно начинает официальное название. Уровень комиссии значения не имеет. Сочетание комиссия по предоставлению рассрочки (отсрочки) оплаты за обучение обучающимся может осмысляться не только как название, но и как описательный оборот. В этом случае заглавная буква не нужна. Решение о статусе (и написании) должно быть принято в организации, создающей комиссию.

Слово бонусирование встречается в профессиональной речи. Нельзя сказать, что он вошло в литературный язык, поэтому мы не рекомендуем использовать это существительное в официалных документах.

Варианты двусторонний и двухсторонний равноправны.