Вводные слова обособляются независимо от их позиции в предложении. В приведенном примере слово наверное  выражает неуверенность говорящего и является вводным.

Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

В этом предложении нет присоединительного оборота, поэтому запятая перед в том числе не требуется.

Корректно: В третий и четвертый адреса письмо направляется для сведения.

В данном предложении запятая перед союзом и не ставится, так как он соединяет однородные придаточные предложения, относящиеся к обстоятельству потому. 

Высказывание В том числе не допускать нарушения действующих санитарных правил и нормативов не является законченным предложением. Определенно сказать, какие знаки внутри него требуются, невозможно.

Точных данных нет, называются числа от 200 до 300. Подробнее, в том числе о времени заимствования, см., например, здесь и здесь.

Вы правы. Занять (у кого-либо) – взять деньги на время, взаймы, одолжить (кому-либо) – дать в долг взаймы. Занять кому-либо – неправильно (но это очень распространенная ошибка).

Ударение в фамилии художника падает на первый слог: Василий Пукирев.

Как правило, слово используется в том падеже, которого требует его синтаксическое окружение.