Корректно: Счастье – это когда ничего не болит: ни душа, ни тело.

Следует использовать слово что. Одна из его функций в русском языке – употребление в значении «который». Что в этом значении связывает с главным предложением придаточное, определяющее какое-либо существительное (в том числе одушевленное!) главного предложения.

Правило таково: в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума, Московская областная дума. Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Федеральное Собрание, Государственная Дума, Московская областная Дума.

Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло. 

Корректно: сердце бьется вновь, а думал: нет его...

Между одиночным определением и следующим за ним причастным оборотом требуется одиночная запятая: Этот человек зажигает особыми чувствами и мое, привыкшее к Родине сердце. Сравним примеры из параграфа 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Даже старые, серыми лишаями покрытые ветви деревьев зашептали о прошлых днях (М. Г.); Стоячий, заблудившийся в воздухе запах цветов пригвожден был зноем неподвижно к клумбам (Б. Паст.) и др.

Запятая не нужна. Деепричастие не обособляется, если оно непосредственно примыкает к глаголу и имеет значение образа действия.