Буква ё пишется в следующих случаях:

1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; вёдро в отличие от ведро; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное).

2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма.

3. В cпециальных текстах: букварях, школьных учебниках русского языкa, учебниках орфоэпии и т. п., а также в словарях для указания места ударения и правильного произношения.

Примечание. В иноязычных словах в начале слов и после гласных вместо буквы ё пишется йо, например: йод, йот, район, майор.

SantaMariadelFiore.jpg" width=134 align=left border=0>Правильно дефисное написание. В нашем издании справочника А. Э. Мильчина зафиксировано: названия церквей и соборов с элементами Сан-, Санта-, Сент- пишутся с прописной буквы через дефис (см.: А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова. Справочник издателя и автора. М., 2003. С. 80). Такая же рекомендация приведена и в «Русском орфографическом словаре» РАН:

Сан-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Сан-Марино (государство), Сан-Ремо, Сан-Сальвадор, Сан-Себастьян, Сан-Диего, Сан-Хосе (города), Сан-Паулу (город и штат), Сан-Карло (собор и театр)

Санта-... - первая часть геогр. и др. наименований, пишется через дефис, напр.: Санта-Крус (город, остров, река, провинция), Санта-Барбара, Санта-Клара, Санта-Мария (города), Санта-Лючия (поселок), Санта-Кроче (церковь)

То же в названиях церквей, храмов, состоящих из нескольких слов: Санта-Мария дель Фьоре, Санта-Мария делле Грацие, Сан-Пьетро ин Винколи и др.

Вариант барнаулка в значении 'жительница Барнаула' зафиксирован словарями русского языка. См., например: Колесников Н. П. Толковый словарь названий женщин. М., 2002.

В русском языке не существует «концепции Розенталя», «концепции Лопатина» и иных «именных» противоборствующих концепций. Есть грамматическая норма, зафиксированная в словарях и справочниках.

Согласно грамматической норме современного русского языка географическое наименование, употребленное с родовыми наименованиями город, село, станция, поселок, река и т. п., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование: на берегу реки Волги, в г. Астрахани. Несклонение топонимов характерно для официально-деловой речи, для канцелярских текстов, но нормативным его считать нельзя.

Трудности с определением родовой принадлежности возникают у нас только в том случае, если существительное несклоняемое. Не вызывает сомнения принадлежность слова Алтай к мужскому роду: это название склоняется как обычное имя существительное второго (по школьной грамматике) склонения типа чай, сарай и т. п., поэтому мы сразу определяем его как слово мужского рода (род существительного, являющегося родовым понятием, – республика – не имеет в данном случае никакого значения, ср.: Москва – существительное женского рода, хотя город – существительное мужского рода).

А вот в том случае, когда географическое название – несклоняемое существительное, его род (в большинстве случаев) определяется по грамматическому роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. Коми, действительно, существительное женского рода (определяем по слову республика), правильно: Золотая Коми. Ср.: Капри – мужской род (остров),  Дели – мужской род (город), но: Миссури – женский род (река).

Конго – несклоняемое существительное среднего рода (государство) и женского рода (река).

Дели – несклоняемое существительное мужского рода.

Да, применение буквы Ё в современном русском письме факультативно (необязательно). К обязательным сферам употребления буквы Ё, регламентированным действующими «Правилами русской орфографии и пунктуации» 1956 года и перечисленным в ответе на вопрос № 248939, в последнее время добавилось употребление Ё в именах собственных («Правилами» рекомендовано писать Ё, только когда надо указать произношение малоизвестного названия, например: река Олёкма; теперь же Ё предписывают писать во всех собственных именах). Можно писать ёж и еж, ещё и еще, влюблённый и влюбленный, пойдём и пойдем. Выборочное употребление буквы Ё – это норма русского письма, закрепленная еще в 1956 году, более полувека назад.

Добавим, что в последние годы вокруг буквы Ё создается несколько истеричная обстановка: ее усиленно пытаются «спасать», ей ставят памятники, организуют различные движения в защиту «истребляемой» буквы и т. д. Всё это по меньшей мере несерьезно. Буква Ё всегда воспринималась носителями языка как факультативная, такой она и продолжает быть до сих пор.

Корректно: на берегу реки Упы.

Правильно: рекам. Вариант рекам считается устаревающим.

По желанию автора (редактора) любой текст может быть набран с последовательным употреблением буквы Ё.