Каких-либо еще знаков препинания, помимо уже поставленных, во фрагменте не требуется.
В обоих случаях правилам соответствует написание с заглавных букв (Красный Перекоп, Щегловская Засека).
Верно с тире или запятой при пояснительной конструкции: Какой пиджак лучше — синий или красный?; Какой пиджак лучше, синий или красный?
В русской разговорной речи такая конструкция неупотребительна. Возможно, это калька с немецкого языка (буквальный перевод).
Очевидно, программа пытается связать существительное остановки с ближайшим к нему предлогом для, не «понимая», что этот предлог находится внутри распространенного определения обязательных для данного маршрута (и, соответственно, относится к существительному маршрут) и что существительное остановки связано с предлогом на.
См. в "Письмовнике".
Конструкции с предлогом на употребляются для подчеркивания способа передвижения, тогда как сочетания с предлогом в обращают внимание на пребывание внутри данного средства передвижения.
Корректно написание строчными буквами.
