По общему правилу в названии этого музея с большой буквы пишется первое слово и входящее в состав названия имя собственное: Палаты бояр Романовых.
Правильно: пантон. Так называется компания, которая разработала схему подбора цвета. Позже имя собственное "Пантон" стало нарицательным.
Географические названия славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом: в городе Щёкино. Если же родового слова нет, то возможны оба варианта, склоняемый и несклоняемый: в Щёкине и в Щёкино. При этом склоняемый вариант соответствует строгой литературной норме. Подробнее см. в разделе «Азбучные истины».
В сочетании город Байконур имя собственное склоняется: администрация города Байконура, подъезжать к городу Байконуру. Ср.: на космодроме Байконур, к космодрому Байконур.
Выражение, о котором Вы говорите, – нефть марки Brent. Brent – это имя собственное, название одной из основных марок нефти. Слово бренд (англ. brand) 'торговая марка' здесь ни при чем.
В сочетании с географическим термином река названия рек женского рода обычно склоняются: в долине реки Печоры.
Да, правильно: на реке Лене.
Да, правильно: в городе Мирном, в микрорайоне Заречном.
Обычно в таких конструкциях обособления нет, но если имя собственное имеет пояснительный характер и выделяется интонационно, то запятые ставятся.
