Правильно: в Бресте, в г. Бресте.
В приведенных Вами примерах название города может согласовываться с родовым словом, а может и оставаться в начальной форме.
Варианты "в г. Москве, в г. Москва" уместны только в канцелярской речи. В остальных случаях верно: в Москве.
Склоняются обе части названия этого города: в г. Ленинске-Кузнецком.
Правильно: в Краснодаре, в г. Краснодаре.
Возможны такие варианты:
- Государственное училище олимпийского резерва г. Самары;
- Государственное училище олимпийского резерва, г. Самара.
Корректно: в Москве, в г. Москве.
В русском языке не существует «концепции Розенталя», «концепции Лопатина» и иных «именных» противоборствующих концепций. Есть грамматическая норма, зафиксированная в словарях и справочниках.
Согласно грамматической норме современного русского языка географическое наименование, употребленное с родовыми наименованиями город, село, станция, поселок, река и т. п., выступающее в функции приложения, согласуется с определяемым словом, то есть склоняется, если топоним русского, славянского происхождения или представляет собой давно заимствованное и освоенное наименование: на берегу реки Волги, в г. Астрахани. Несклонение топонимов характерно для официально-деловой речи, для канцелярских текстов, но нормативным его считать нельзя.
Правильно: в Калининграде, в г. Калининграде.
Правильно: в Воронеже.