Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется.
Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал.
В лексическом составе и в грамматической структуре частей приведенного предложения нет ничего, что препятствовало бы постановке запятой или точки между частями. Разница лишь в расстановке акцентов:
- ...эволюция — это не просто смена поколений, это сложный процесс, в котором участвуют наследственность, изменчивость и отбор (перечислительные отношения частей);
- ...эволюция — это не просто смена поколений. Это сложный процесс, в котором участвуют наследственность, изменчивость и отбор (в первом предложении содержится «интрига», раскрываемая во втором).
Вообще говоря, автор может подчеркнуть отношения логического обоснования между частями с помощью двоеточия: ...эволюция — это не просто смена поколений: это сложный процесс, в котором участвуют наследственность, изменчивость и отбор. Правда, из-за повторения слова это такой вариант не выглядит удачным.
Сравним также случай, когда постановка точки или запятой невозможна: Тогда я понял: надо уходить (вторая часть бессоюзного сложного предложения замещает обязательную синтаксическую позицию при глаголе понять).
Как видим, возможность или невозможность оформить части бессоюзного сложного предложения в качестве отдельных предложений, возможность выбора между запятой, двоеточием и другими знаками середины предложения связаны с лексическим составом и грамматическим строением этих частей.
Корректно раздельное написание.
Такие выражения называют тавтологичными. Обычно при оценке их корретности учитывают стилистические особенности речи. В художественной речи они могут использоваться намеренно, с определенными авторскими целями. В обиходном общении подобные выражения редко воспринимаются критически. Напротив, они едва ли уместны в научных и публицистических текстах, не предполагающих лексического однообразия.
В предложении возможен любой из перечисленных союзов. Как свидетельствует языковой материал, приводимый в справочниках, союз нежели чем имеет то же значение, что и чем. Союз нежели (без чем) выполняет ту же функцию в предложении, но придает ему книжную стилистическую окраску.
Корректны два варианта:
- Она сидела и думала, с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать.
- Она сидела и думала: с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать?
Корректные варианты:
- Они не будут по пять минут выбирать, взять с собой новомодный раф или отдать предпочтение капучино.
- Они не будут по пять минут выбирать: взять с собой новомодный раф или отдать предпочтение капучино?
В конце списка (вернее, в конце повествовательного предложения, которое начинается с прописной буквы) должна быть точка. После заголовков Карта маршрута и Советы туристу точка не нужна.
К сожалению, у нас нет однозначного ответа на вопрос, почему точка после заголовков не ставится. Скорее всего, основная причина в том, что точка после заголовка просто избыточна. Наконец, именно отсутствие точки позволяет читателю идентифицировать некий фрагмент текста как заголовок.