Аббревиатурные названия производственных марок и изделий пишутся без кавычек. А вот дефис нужен. Правильно: ВАЗ-2104.
Верно раздельное написание.
О написании названий марок автомобилей см. в «Письмовнике».
Корректно склонять.
Правильно: под Калязином.
Да, правильно: в городе Торопце.
Правильно: из Апатитов.
Чтобы ответить на Ваш вопрос, нужно точно знать, о каком проекте идет речь. Например, если это название микрорайона, то кавычки не нужны (Город Непохожих); если название организации, то нужно написать без кавычек и второе слово со строчной буквы: «Город непохожих».
Проверяемые слова иногда включают в списки словарных слов. Это может быть сделано, чтобы обратить особое внимание на трудные слова, на слова определенной модели, с каким-то общим элементом (например, с сочетанием оро).