В сочетании город Байконур имя собственное склоняется: администрация города Байконура, подъезжать к городу Байконуру. Ср.: на космодроме Байконур, к космодрому Байконур.

Сочетание в этой связи не требует выделения запятыми. Заметим, что в приведенном контексте, в котором речь идет о причинно-следственной связи, более уместно употребить вместо него сочетание в связи с этим (см. «Словарь-справочник трудностей русского языка»), но и оно не обособляется. Рекомендуется для лучшего восприятия разделить предложение на два: По состоянию на 04.04.2025 денежные средства от Специализированного отдела судебных приставов по г. Москве ГМУ ФССП России в счет оплаты задолженности по решению Арбитражного суда города Москвы по делу № 123456 не поступали. В связи с этим денежные средства, перечисленные в бюджет города Москвы по платежному поручению, указанному в обращении, учтены на финансово-лицевом счете Договора в соответствии с назначением платежа.

Название Торсланда предпочтительно не склонять. Дело в том, что в случае склонения (в Торсланде) по форме косвенного падежа читателю может быть трудно понять, как это слово должно звучать в начальной форме - Торсланд или Торсланда. 

Многие слова не подчиняются этому правилу, их написание определяется традицией и проверяется в словарном порядке.

Название Фрязино склоняется. Подробный ответ см. здесь.

Торунь – существительное мужского рода, поэтому правильно: в Торуне. 

Название склоняется и в этом случае: в г. Москве. Несклоняемый вариант, который часто можно встретить в канцелярском языке, противоречит нормам русской грамматики.

Родовое слово "город" обычно употребляется в сочетании с топонимом "Москва" только в канцелярской речи. При этом предпочтительно согласование топонима: в городе Москве. В остальных случаях верно: в Москве.

Корректно со строчной: представители городской власти и церкви. 

В этом предложении подлежащим является существительное качества. Ряд сила, храбрость и даже богатство представляет собой ряд форм называния, в данном случае — именительный темы.