Правильно: имеет место (= наличествует) и имеет быть (= должен состояться). Оборот имеет место быть возможен в разговорной речи как контаминация двух названных выше выражений.

В корне неправильно сочетание имеет место быть, встречающееся в Вашем вопросе. Правильно: имеет место. А фраза Договор между ООО «ЭЭ» и ОАО «ПП» подписан вполне корректна.

Возможны оба варианта, однако они имеют разный смысл: нести ответственность за выполнение значит 'возлагать / брать на себя обязательства по выполнению', нести ответственность за невыполнение значит 'быть наказанным за невыполнение'.

Указанная в скобках запятая не нужна, потому что неопределенное местоимение нечто образует единую группу с распространенным определением: И я почувствовал, как у меня в горле поднимается нечто похожее на ржание.

Запятые факультативны: Тем не менее с учетом сложившейся конфликтной ситуации сотрудник переведен на другое рабочее место и Тем не менее, с учетом сложившейся конфликтной ситуации, сотрудник переведен на другое рабочее место. 

Моветон – обычное склоняемое существительное. Но плохо: является моветоном. Обычно говорят, что нечто – моветон (в именительном падеже) или нечто считается моветоном. Правильно: Ходить с непокрытой головой – моветон и Ходить с непокрытой головой считается моветоном.

Прилагательное уфимский уникально. В прочих прилагательных, образованных от подобных географических названий, используется согласный Н: арагвинский, тувинский, увинский.

Названия мероприятий со словом неделя пишутся без кавычек, так как не выделяются кавычками собственные наименования, если они не имеют условного характера (например, Российский государственный гуманитарный университет, Московский театр кукол, Институт языкознания Российской академии наук). У слова неделя фиксируется значение 'семидневный промежуток времени, посвящённый чему-л., какому-л. событию'. Ср. с названиями, закрепленными в словаре. В сочетании названия (как несклоняемого приложения) с родовым словом кавычки уместны.

1. Однако в начале 1984 года он порвал эти отношения, и перешел в глубокое противостояние с правительством Афганистана, и начал активные действия против советских войск. 

2. Корректно раздельное написание.