В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.
Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.
Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.
Эти слова могут употребляться как синонимы в значении 'те, кто работают вместе; товарищи по работе', ср.: поговорить с коллегами и поговорить с сотрудниками. Но эти слова не взаимозаменяемы: у слова коллега есть значение 'представитель той же профессии' (на конференции обменялся опытом с коллегой); у слова сотрудник есть значение 'служащий' (сотрудники предприятия), этого значения нет у слова коллега.
Рассматриваемое предложение простое, подлежащим в нем является 315 (именительный падеж!), сказуемым — 21. В этом легко убедиться, сделав синонимическую замену: 315, деленное на 15, (есть) 21. Эта замена показывает, что в составе подлежащего делить выполняет функцию несогласованного определения с сильным обстоятельственным (условным) оттенком. Это обязательный распространитель, так как без него мы получим ложное утверждение *315 (есть) 21.
В примере из справочника мы имеем дело с обособленным обстоятельством.
Обстоятельства, выраженные существительными в формах косвенных падежей с предлогами, обособляются для попутного пояснения или смыслового выделения. Такое обособление факультативно.
Это же обстоятельство из озорства могло и не обособляться. Тогда вводное слово должно быть выделялось бы запятыми с двух сторон, хотя стало бы неясно, к какому из обстоятельств в предложении оно относится.
В Вашем предложении слова из-за многозначности также могут выступать как обособленное обстоятельство (в том числе со значением присоединения), если это соответствует смыслу предложения и интонации. Но автор текста не стал обосабливать их. Поэтому выделяется только вводное слово вероятно.
Частица не писалась бы в независимом восклицательном предложении: Куда только Катя не обращалась за помощью! (то есть буквальный смысл: да есть ли такие места, куда Катя не обращалась за помощью?). Но в приведенном Вами предложении надо писать частицу ни: Куда только Катя ни обращалась за помощью, нигде не могли ей помочь. Отрицанию не в этом предложении не место: она же обращалась за помощью.
Ставится тире.
Тире ставится перед сказуемым, присоединяемым к подлежащему словами вот, это: «Уважение к минувшему — вот черта, отличающая образованность от дикости», — сказал когда-то Пушкин (Расп.); Пушкиногорье — это не только памятник историко-литературный, это и своеобразный ботанический и зоологический сад, замечательный памятник природы (Гейч.). В качестве связки возможно и сочетание это есть: Гипотенуза — это есть сторона прямоугольного треугольника, лежащая против прямого угла (из учебника).
Правильна форма ед. числа. Не встречается — безличная форма, которая образует безличное предложение, то есть предложение, в которое невозможно вставить подлежащее. В таком предложении слово, обозначающее субъект действия или состояния, может быть только дополнением в форме род. падежа. При личной форме не встречаются слово, обозначающее субъект действия, должно быть подлежащим, то есть иметь в форму им. падежа. Ср.: не встречается записей, но не встречаются записи.
Правильно: согласно приказу, договору, распоряжению, штатному расписанию и т. д. Предлог согласно в современном русском языке требует дательного падежа, правильно: согласно чему, не чего. Уже в XIX веке конструкция согласно чего, то есть с родительным падежом, расценивалась как характерная примета официально-деловой, канцелярской речи. А в современном русском языке она не является нормативной и для официально-делового стиля. Сейчас правильно только согласно чему, то есть с дательным падежом.