Вас не случайно смущает употребление сочетания в том числе в этом предложении. И дело не только в пунктуации. Словари говорят, что это сочетание является союзом и используется «для присоединения слов, использующихся для обозначения, выделения человека или предмета, на к-рые среди прочих (прочего) распространяется сказанное в предыдущей части», например: Пришли все, в том числе и Мухин. Многие сотрудники, в том числе он, сейчас в отпуске. В таких случаях в том числе открывает собой присоединительный оборот. 

В приведенном Вами предложении нет присоединительного оборота. Сочетание в том числе здесь используется в значении, не зафиксированном словарями, — в значении ‘не только, но и’. Здесь оно показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (в Вашем случае — что документация может быть представлена и в других формах, помимо формы интерактивных руководств). Подобные случаи в справочниках не рассмотрены, о чём пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. Судя по приводимым в статье примерам, в большинстве случаев знаки препинания при таком «самостоятельном» в том числе не требуются. Полагаем, что не требуются они и в Вашем примере.

Возможны два варианта: без запятой и с запятой перед что.

Указанные запятые в обоих случаях не требуются.

Правильно: Кондиционеры в Москве, в том числе промышленные кондиционеры. Союз в том числе вводит присоединительный оборот, выделяемый знаками препинания.

В данном случае буквенное наращение возможно: Выплаты начисляются 1 и 15-го числа каждого месяца.

Высказывание В том числе не допускать нарушения действующих санитарных правил и нормативов не является законченным предложением. Определенно сказать, какие знаки внутри него требуются, невозможно.

Оба варианта согласования возможны.

Такие конструкции распространены в обиходно-разговорной речи, но в нейтральном и тем более официальном контексте их не стоит использовать. Корректно: две тысячи сорок.

Можно использовать оба слова.