В первом предложении запятая не нужна, т. к. неповторяющийся союз и соединяет однородные придаточные предложения: Я думал, что стукач – это мужик и кот ему сейчас горло порежет (=думал, что стукач – это мужик и что кот ему горло порежет). Во втором и третьем предложениях однородных придаточных нет, поэтому запятая после слова мужик ставится (обособляется придаточное предложение что стукач – это мужик).

Не хватает запятой после слова Женя: Я сидел и всё ждал, не выйдет ли Женя, и мне казалось, будто в мезонине говорят.

Корректно: Я знал по прежним годам, что, когда она грызет косу, значит, ей интересно. 

Если в тексте перемежается внешняя речь (обращенная к собеседнику) и внутренняя (подумал про себя), то внешняя речь оформляется при помощи абзацного выделения, а внутренняя — при помощи кавычек. При этом прямая речь с кавычками оформляется по общим правилам:

• если прямая речь заканчивается точкой, точка ставится после кавычек;
• если прямая речь заканчивается вопросительным, восклицательным знаком или многоточием, знак пишется внутри кавычек, а точка после них не ставится.

Верно: «У меня! — услышал Горбун внутри голос своего сердца. — Ты влюблен в принцессу!» «Я? В принцессу? Глупости! Как могу я — такой страшный и мрачный — любить такую прекрасную Розу?» «Неужели кто-то полюбит такого уродливого горбуна, как я? — с горечью думал он. — А я сам смогу полюбить кого-то?» Он не знал ответа, до сих пор ему знакомы были только ненависть и зависть. От удивления Горбун застыл на месте и стоял столбом, не веря своим глазам: «Разве на свете бывает такая красота?!"

Нет, такие конструкции в русском языке грамматически некорректны. 
В русском языке существуют свои правила и структуры для выражения временны́х отношений. Например, вместо «Я имею работу сделанной» правильно будет сказать «Я сделал работу» или «Работа уже сделана». Вместо «Я весь день был читающим книгу» правильно будет сказать «Я читал книгу весь день» или «Весь день я провел за чтением книги». В русском языке порядок слов, грамматические формы и синтаксические конструкции отличаются от английского, поэтому прямое перенесение не будет корректным.

Корректно: Я видел проплывающих мимо косаток. Их было несколько сотен.

Обратите внимание:

касатка, -и, р. мн. -ток (ласточка; обращение к женщине)

косатка, -и, р. мн. -ток (дельфин; рыба)

Сказуемые услышала и подумаю однородны, поскольку они оба относятся к подлежащему я. Запятая перед союзом и не нужна.

Если слова я думаю относятся и к предложению домашние это заметят уже скоро, и к предложению вы продолжите прерванный курс лечения, то запятая не нужна.