Корректно: Нам нужно понять не только зачем мы это делаем, но и каким образом.

В сочетании а значит союз и вводное слово образуют единство. В таких случаях между союзом и вводным словом запятая не ставится, а после вводного слова ставится, то есть сочетание выделяется с обеих сторон запятыми (см. параграф 95 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). Вместе с тем в практике письма, как Вы верно заметили, частотна постановка тире вместо запятой после этого сочетания. По наблюдениям исследователей, такое происходит не только с сочетанием а значит, но и с множеством других вводных конструкций. В этом случае постановку тире вместо запятой нет оснований считать ошибкой: никакие принципы русской пунктуации здесь не нарушаются. При этом постановка двух знаков сразу — и запятой, и тире — явно избыточна.

Сугубой ошибкой мы бы такое построение предложения не считали, однако лексический недочет в нем действительно есть: Автор описывает великолепие природы и приводит рассуждения советских солдат о том, как на неё влияет война. 

Вы корректно поставили сказуемое в единственное число, поскольку в приведенном предложении однородные подлежащие, между которыми стоит разделительный союз, относятся к одному грамматическому роду.

Сочетание на мой взгляд является вводным, оно должно быть выделено запятыми. Подробнее см. в «Справочнике по пунктуации».

Корректная пунктуация: ...и тут возникают вопросы: следует ли скачивать эту книгу или же (стоит) ограничиться только ссылкой на ресурс? Слово вопросы не является обобщающим.

Обратите внимание: неясно, почему слово вопросы стоит в форме множественного числа, а за ним следует только один вопрос.

Фразеологическое сочетание через не могу не требует кавычек. Приведенный фрагмент рекомендуется оформить следующим образом: Вам должно быть интересно и комфортно в процессе. Не стоит получать знания через не могу, только ради конечной цели.