Ни одна из этих характеристик не подходит. Правильнее назвать полгода сложным словом со второй частью - формой родительного падежа имени существительного.

Оба варианта корректны.

Лучше всего писать: трех фракций. Но если количественное числительное передается цифрой, то наращение не требуется: 3 фракций.

При подлежащем, выраженном сложным существительным, первую часть которого образует числительное пол- (полчаса, полгода и т. п.), сказуемое обычно ставится в форме единственного числа, а в прошедшем времени – в среднем роде, например: полчаса пройдет незаметно, полгорода участвовало в демонстрации; Полголовы уже осталось (Чехов). Но если при этих словах имеется определение в форме именительного падежа множественного числа, то и сказуемое ставится во множественном числе, например: Первые полчаса прошли незаметно; Остальные полдома уцелели от пожара.

Таким образом, верно: Полкласса получило пятерки. В составе слова пол- – это корень.

Корректно использование формы родительного падежа при наличии отрицания: не прошло и двух лет (ср.: прошло два года). Существительное в форме, совпадающей с формой р. п. ед. ч., употребляется при количественном числительном в форме им. п. (а также в. п. в случае с неодушевленными существительными второго склонения). Если же числительное стоит в другой падежной форме, то существительное согласуется с ним во мн. ч.

Числительные написаны правильно. Слово сутки нужно заменить на слово день: за двести семьдесят четыре дня. 

Сказуемые используются в форме единственного числа, поскольку числительное в составе подлежащего заканчивается на один. Вы написали верно.

Верно: ...из ста сорока одного магазина (так как числительное кончается на один). Но предложение, действительно, небезупречное, и его лучше перестроить, если есть такая возможность.

Варианты с предлогом в и без него являются равноправными.

Предлог "в" не требуется.