Здесь всё зависит от того, идет речь об одном и том же договоре или о двух разных. Если это один и тот же договор, союз или имеет значение «то есть» и перед ним ставится запятая. Если это разные договоры, союз или имеет разделительное значение и перед ним запятая не нужна.

В приведенных примерах оборот с производным предлогом согласно служит ссылкой на источник сообщения и тем самым близок вводной конструкции: согласно плану = «как указано в плане» и т. д. Важно значение этого оборота.

Это действительно аналогичная ситуация. Согласно правилам координации, всё зависит от того, является  приложение и (или) определяемое словом или словосочетанием: страны-участницы, в компании-партнере, но страны — участницы БРИКС, в компании — партнере «Транснефти».

Уточняющее определение отделяется запятой от уточняемого, но не от определяемого слова (см. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Республика Бурятия среди исследуемых регионов, согласно показателям, занимает предпоследнее, третье место.

Обстоятельственный оборот с производным (непервообразным) предлогом в условиях может быть обособлен, если требуется обозначить его границы (чтобы предложение не выглядело двусмысленным). Здесь как раз такой случай: указанную запятую нужно поставить, чтобы в предложении не возникло словосочетание безопасности компании. О пунктуационном оформлении подобных оборотов см. «Письмовник».

Ограничительно-выделительные обороты с предлогом за исключением обычно обособляются. Не обособляются они только в тех случаях, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу, но такие случаи очень редки. В Вашем примере оборот ограничивает по смыслу сочетание поездов дальнего следования всех категорий и обособление требуется: ...это правило будет распространяться на купейные, плацкартные и общие вагоны поездов дальнего следования всех категорий, за исключением скоростных поездов.

Склонение мужской фамилии Борсук обязательно. Женская фамилия не склоняется. 

В русском языке склоняются все мужские фамилии, которые оканчиваются на согласный, независимо от их языкового происхождения (единственное исключение – фамилии на -ых, -их типа Черных, Долгих). 

Согласно ответу 223580 следует писать бензогенератор и дизель-генератор (вариант: бензо- и дизель-генератор), но не *бензодизель-генератор. Согласно ответу 263302 следует писать бензо-, электроинструменты (если речь о разных инструментах) и бензоэлектроинструменты (если речь об инструменте, который работает на бензине и электричестве). Разница не в том, что в одном случае речь идет о генераторах, а в другом об инструментах, а в типе соотношения основ сложного слова. 

По первому предложению: конечно, тире можно не ставить, ссылаясь именно на этот пункт правил. Но если вчитаться в него, то мы заметим, что в нем говорится о вводном слове, но не о вводной конструкции, которая здесь довольно сильно распространена. Тире предпочтительно оставить именно по этой причине: оно ясно сигнализирует о том, что оговорка завершена и сейчас последует сказуемое. В противном же случае различие можно воспринять как однородный член к рознь. Конечно, дочитав предложение до конца, читатель поймет, что это не так, но создавать ему такие дополнительные затруднения ни к чему.

По второму предложению: полагаем, что здесь сочетание запятой и тире является эквивалентом двоеточия. См. ПАС, § 130, прим. 1. Перед нами бессоюзное сложное предложение (каждая часть его представляет собой, в свою очередь, СПП), так что положение этого примечания здесь вполне применимо.

По третьему предложение: это тоже бессоюзное сложное предложение, тире ставится по п. 5 того же параграфа ПАСа.

Корректно: согласно счету-наряду, отправленному врачом.