Правильно с запятой: Эх, Маша, Маша... Здесь именно повторяющиеся слова, а не одно сложное слово, образованное повтором.
Падеж словоформы врача в этом контексте установить невозможно: вопрос кого? не различает винительный и родительный падежи. Глагол бояться действительно может присоединять в качестве зависимого слова одушевленное существительное в винительном падеже (боюсь маму). Правда, следует заметить, что, согласно справочнику Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке», такой вариант (бояться кого) имеет разговорную окраску. Нейтральная форма зависимого существительного при глаголе бояться — форма родительного падежа (боюсь мамы).
Обращение дети надо выделить запятыми: Ваш папочка, дети, козел.
Обособление не требуется: Мама тем временем отдохнула в парке.
Дополнительные знаки препинания не требуются.
Такой вывод из этой фразы сделать нельзя.
Корректно раздельное написание: глубоко недоношенный ребенок. Однако в специальной (медицинской) литературе, где это слово используется в качестве термина, распространено слитное (глубоконедоношенный ребенок) написание.
Нужна запятая перед что.
