При «встрече» сочинительного союза и подчинительного (или союзного слова) запятая между ними ставится или не ставится в зависимости от некоторых условий. Основанием для непостановки запятой служит то обстоятельство, что вторую придаточную часть нельзя без ущерба для смысла изъять из текста или переставить в другое место — в конец сложноподчиненного предложения. Так, запятая, как правило, не ставится после противительного союза а, даже если дальше не следует вторая часть двойного союза то, поскольку ни изъятие, ни перестановка придаточной части невозможны без перестройки главной части: Печально поглядывал он по сторонам, и ему становилось невыносимо жаль и небо, и землю, и лес, а когда самая высокая нотка свирели пронеслась протяжно в воздухе и задрожала, как голос плачущего человека, ему стало чрезвычайно горько и обидно на непорядок, который заменился в природе (Ч.). О союзе но в этом правиле не упоминается, и, на наш взгляд, в предложениях с таким союзом изъятие или перестановка придаточной части вполне возможны, поэтому запятая должна быть поставлена: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но, что бы он ни думал, я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе (ср.: Он считает, что с бедным клерком можно не церемониться, но я не настолько уступчив, и его грубые вольности мне совсем не по душе, что бы он ни думал). В интересующем Вас предложении запятая нужна: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий, мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты (ср.: Ее воодушевление по поводу этого проекта поддерживало нас с самого начала, и мы можем только представить, какую своевременную поддержку она оказывала Крис в критические моменты, поскольку она и Крис Б. являются близкими друзьями и коллегами на протяжении почти двух десятилетий). 

В данном случае вводное словосочетание «во-вторых» не отделяется запятыми от сочинительного союза «а». Это связано с тем, что вводное словосочетание тесно связано по смыслу с сочинительным союзом и не может быть опущено или переставлено без нарушения структуры предложения. 

Раздельное написание некорректно.

Написание личных имён подчиняется традиции. Иногда служебные элементы при передаче по-русски включаются в фамилию (Д'Артаньян, Ди Каприо), иногда нет. Так что возможны написания как Де Боуз, так и Боуз. Твердых правил для передачи иностранных фамилий не существует.

Вы правильно расставили знаки препинания в предложении.

Правильно: счету, являющемуся.

Знаки препинания расставлены правильно.

Союз то ли... то ли... употребляется для выражения альтернативности, поэтому он должен соединять сопоставимые (в том числе и в грамматическом смысле) части высказывания: то ли пришел, то ли не пришел; то ли Вася, то ли Петя; Они то ли приедут, то ли не приедут; То ли они приедут к нам, то ли мы к ним. Изменение порядка слов в предложениях типа То ли он пойдет в кино, то ли останется дома характеризует высказывание как сугубо разговорное. Разговорный характер имеет и конструкция То ли они боялись убивать, то ли оказаться убитыми.

Большой толковый словарь русского языка

ПРЕРВАТЬСЯ, -рвётся; прервался, -рвалась, -рвалось и -рвалось; св. 1. Внезапно прекратиться, приостановиться. Разговор прервался. Наше знакомство прервалось. Тишина неожиданно прервалась выстрелами. // Приостановиться, сделать паузу в речи, разговоре и т.п. Рассказчик прервался в ожидании тишины. 2. Окончиться или образовать разрыв в каком-л. месте. Лес прервался у самого берега. Поток машин прервался. Прерываться, -ается; нсв. Говорить, поминутно прерываясь.

Запятая нужна, так как научив — деепричастие, а одиночные деепричастия обособляются при обозначении ими действия, как в данном случае. Заметим, что в предложении есть смысловая недостаточность: глагол научить требует дополнений: научить кого? и научить чему? Возможно, эта смысловая неостаточность компенсируется контекстом (который здесь не приведен).