Корректно раздельное написание: глубоко недоношенный ребенок. Однако в специальной (медицинской) литературе, где это слово используется в качестве термина, распространено слитное (глубоконедоношенный ребенок) написание. 

Корректно: глубоко насыщенный, прозрачно-невесомый.

В обстоятельном, детальном описании синонимов сходный и схожий в «Новом объяснительном словаре синонимов русского языка» (подготовлен под общим руководством академика Ю. Д. Апресяна; Москва; Вена: Языки славянской культуры: Венский славистический альманах, 2004) показано, что следует видеть не стилистические, а прежде всего семантические, референциальные, прагматические сходства и различия этих двух слов.

Русское ударение тем и трудно, что одинаково выглядящие слова при изменении по падежам могут иметь неодинаковое ударение. Ср. также: га́достей, гру́бостей, сла́бостей, но областе́й, повесте́й, новосте́й (примеры Н. А. Еськовой). Это объясняется историей русского языка и сложными внутренними процессами, происходящими в нем. Подробнее о русском ударении можно узнать из лекции академика А. А. Зализняка.

Запятые нужны: Учтите, что, помимо спорткомплекса, у меня есть еще академия. Подробнее см. в "Справочнике по пунктуации".

Названия станций метрополитена нужно писать по правилам: «Октябрьское Поле», «Кузнецкий Мост», «Охотный Ряд» и т. д. Кстати, на официальной схеме линий Московского метрополитена, разработанной Студией Артемия Лебедева по заказу Департамента транспорта Москвы, все названия станций написаны правильно (в соответствии с орфографическими нормами).

Оба указанных слова - именные части составных именных сказуемых.

Возможная логика написания с прописной – как название исторического события. Отметим также, что это слово в современной публицистической речи может употребляться как синоним слова геноцид, т. е. по отношению к разным этническим, религиозным или социальным группам. Возможно, словарь, о котором Вы говорите, разводит по значениям: Холокост – как обозначение массового уничтожения евреев в годы Второй мировой войны (историческое событие) и холокост как синоним слова геноцид. Такая логика имеет право на существование. Но при этом в большинстве словарей зафиксировано написание слова холокост строчными.

Если поискать, такие слова найдутся) Например, буквосочетание гя может встретиться в именах собственных (Плунгян — фамилия ученого, академика РАН, главного научного сотрудника Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН). Буквосочетание гя встречается в формах деепричастий глаголов на -жечь (*зажгя, *разожгя), ненормативных, но используемых, например, в художественных текстах — в стилистических целях, для передачи особенностей речи персонажей и др.: И далее вижу я — боярский сын, и ремесленник, и крестьянин берут кистень и, зажгя дворы свои, уходят в леса свирепства своего ради (А. Н. Толстой, Петр Первый); Пробовали даже выкуривать обитателей норы, разожгя костер (В. Солоухин, Капля росы). Наконец, всегда есть возможность образования окказиональных слов, содержащих данное буквосочетание.