мелкодонный
МЕЛКОДОННЫЙ \\ м[е]лкодонный и м[ие]лкодонный; мелкодо[нн]ый, в беглой речи возможно мелкодо[н]ый.
мелководный
МЕЛКОВОДНЫЙ \\ м[е]лководный и м[ие]лководный; в формах с сочетанием д[н’]: мелководнее... – мелково[д’]нее.
мелкодонный
МЕЛКОДОННЫЙ, -ая, -ое. Имеющий неглубоко сидящий в воде корпус и плоское дно (о лодках).
мелководный
МЕЛКОВОДНЫЙ, -ая, -ое; -ден, -дна, -дно. Имеющий низкий уровень воды (о водоёмах); неглубокий. М-ая река. М-ое озеро. М. залив.