Правильно: читать с начала.

Запятая в данном случае факультативна. Ее отсутствие будет означать, что прилагательное глухой употреблено здесь в значении 'густо, сплошь заросший', тогда как постановка запятой укажет на однородность определений глухой и загадочный (темный, непроницаемый, отчего кажется загадочным).

Запятая перед деепричастным оборотом не обладая знанием о нем нужна. Строение предложения вызывает вопрос: последовательность разных обособленных оборотов — причастный оборот изображающий предмет, затем деепричастные обороты — оправданна?

Запятая после слова сообщить нужна. При этом предложение требует редактирования, поскольку непонятно, к чему относится заключительное сочетание а также в течение отчетного периода.

Ваш вопрос мы передали О. Е. Ивановой, ведущему научному сотруднику Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН, одному из авторов и редакторов «Русского орфографического словаря».

Ольга Евгеньевна предлагает обратить внимание на то, что если в первом издании академического «Орфографического словаря русского языка» (1956) дубрава и дуброва даны в одной словарной статье, то в более позднем издании (1974) эти статьи разделили, и слова дубрава и дуброва с тех пор идут друг за другом, вводя за собой свои производные. У дубровы этих производных больше (в словаре дано дубровка «растение» и дубровник «растение; птица», а ведь есть еще многочисленные топонимы). По мнению нашего консультанта, сейчас дубрава и дуброва не взаимозаменимы, как это было в XIX в., и трудно согласиться, что это просто «слова с вариативным написанием». Как просто обозначение рощи дуброва — устаревшее слово для современного городского человека, оно имеет ореол поэтичности (это связано с тем, что оно больше употреблялось в прошлом и в поэзии), но при этом, судя по данным Национального корпуса русского языка, в некоторых современных текстах дуброва встречается; оно распространено и на юге России.

В какой мере слово дуброва сейчас можно назвать устарелым или областным? «Углубление в эту проблематику, — пишет Ольга Евгеньевна, — имеет косвенное отношение к задачам орфографического словаря. Это вопрос словоупотребления и жанра текста. А с точки зрения орфографической у нас всё нормально, мы следуем программе словаря. См. Предисловие к первому изданию «Русского орфографического словаря», с. 5: «Фонетические и грамматические варианты слов, имеющие различия в написании, помещаются в составе одной словарной статьи и соединяются союзом и, напр.: бива́чный и бивуа́чный; козырно́й и козы́рный; кайла́ и кайло́; макроцефа́лия и макрокефа́лия, циду́ла и циду́ля. Варианты, занимающие различные места в общем алфавите, приводятся повторно. Все иные варианты слов (различающиеся семантически, стилистически, а также устарелые) приводятся на своих алфавитных местах, как правило, без взаимных ссылок».

Корректно: работал на государственном предприятии. См. типичные сочетания со словом предприятие в словарных изданиях.

Вы (как, впрочем, и большинство выпускников школы) не вполне верно трактуете понятие причастный оборот. Разумеется, причастный оборот ― это причастие с зависимыми словами, но само по себе наличие причастного оборота еще не повод для выделения его запятыми. Так, деепричасный оборот выделяется запятыми потому, что он имеет значение дополнительного действия. Причастный же оборот выделяется в тех случаях, когда он имеет значение акцентированного определения (например, стоит после определяемого слова, как в предложении Облака, летящие над землей, казались призраками его мечтаний, или имеет не только определительное, но и дополнительное обстоятельственное значение, как в предложении Скошенная с утра, трава уже к полудню сухо шуршала под ногами; см. правила обособления определений), и неважно, выражено такое определение причастием или прилагательным (ср.: Облака, прозрачные и прерывистые, казались призраками его мечтаний). В приведенном Вами примере внутри деепричастного оборота имется словосочетание молотые и обжаренные какао-бобы, в котором определение выражено причастиями, но условий для его обособления нет.  

В данном контексте слова "будет необходимо" и "необходимо будет" могут считаться взаимозаменяемыми, оба варианта верны и зависят от стиля и ритма предложения. Что касается обособления оборота "в случае", запятая после слов "согласования" не требуется. 

Здесь действует правило о постановке тире в неполном предложении. Тире на месте пропуска каких-либо членов предложения (в данном случае грамматической основы, сравним: далее [вакцинироваться необходимо] повторно через год) обычно ставится, поскольку при чтении на месте пропуска возникает пауза. При отсутствии паузы тире не ставится (см. параграф 6.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Наречие вновь имеет два значения (смБольшой универсальный словарь русского языка):

ВНОВЬ, нареч.

● 1.0. Ещё раз. Син. опять употр. чаще, снова употр. чаще, ещё¹. Увидеться в. Вчера он в. опоздал. Аня в. и в. убеждала нас не продавать дачу. ● 2.0. Впервые, только что. В. созданная организация. Все квартиры во в. строящемся доме уже проданы. ◒ Единожды солгавши, кто вновь тебе поверит – см. поверить. || Морф. в=новь. Дер. От прил. новый (См.).

Так что выражение вновь созданный может означать и "впервые созданный", и "еще раз созданный".