Оба варианта - и "убивает микробов", и "убивает микробы" - нормативны. Можно проверить это, например, по "Грамматическому словарю русского языка" А. А. Зализняка.

Слово "засор" словари русского языка фиксируют.

Слово пятибалльный пишется по правилу: на стыке основы, оканчивающейся на две одинаковые согласные, и суффикса, а также на стыке корней в сложных, но не сложносокращенных словах написание двойной согласной сохраняется. Из правила есть исключения, к ним относятся кристальный и антенка. Слово антенка входит в целую группу слов, в которой сочетание нн не сохраняется перед суффиксом к, например: манка (манная), колонка (колонна), трехтонка (тонна), оборонка (оборонный), выделенка (выделенный). Есть и другие суффиксы, перед которыми происходит упрощение сочетания нн. Полное правило см. в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».

Поскольку нет указания, что в предложениях дословно передается чей-либо вопрос, оформлять его в кавычках как прямую речь нет оснований. Корректны будут варианты: Программа-максимум — найти корень проблемы и ответить на вопрос: почему аудитории не могут сами разрешить проблемную ситуацию, в которую попали?; Возникает вопрос: какие проблемные ситуации рассматривать в рамках культуры и творчества? Вопрос формулируется так: что нужно сделать для того, чтобы..? Последний из приведенных примеров уместнее оформить как предложение с придаточным изъяснительным, поскольку в нем адресату, обозначенному местоимением вы, скорее предлагается тема для размышления, а не задается вопрос как таковой: Постановка отправного вопроса помогает быстро ответить на вопрос, ради чего вы тратите ресурсы (повторение слова вопрос при этом желательно устранить). 

Через дефис может писаться не только одно слово, но и сочетание слов. Это могут быть сочетания с приложениями (город-герой, студент-первокурсник, программа-открывашка), сочетания-повторы (умница-разумница), сложные термины (альфа-частица) и др. Бывают очень разные случаи, единого правила для всех не существует. Подробнее можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Правда, вопрос о применении в таких сочетаниях кавычек там не рассматривается. Скорее всего, Вы правы, и в первых приведенных Вами примерах (мальчик-«умница», программа-«открывашка») лучше закавычить всё словосочетание. Что касается третьего (экс-«Интеграл»), то надо разбираться, что имеется в виду, и решать вопрос о кавычках в зависимости от смысла (к чему относится приставка экс, что такое Интеграл и т. д.).