Ответы справочной службы
Второй вариант аббревиатуры предпочтителен. Рекомендуем за уточнениями обращаться к справочным материалам, размещенным на нашем портале.
Вы все верно обосновали. Более убедительных аргументов нет.
1. По правилам названия отделов, не являющихся собственными именами, пишутся со строчной буквы. Ср.: отдел кадров, сектор учета, ученый совет, художественный совет, факультет журналистики, кафедра иностранных языков, сектор диалектологии, группа по контролю электронной системы. Сочетание научно-исследовательский институт в составе индивидуального названия института принято писать с заглавной буквы, например: Институт лингвистики. Отметим, что в официально-деловой речи названия крупных отделов различных учреждений часто пишут с прописной буквы, однако пока эта тенденция в правилах не отражена.
2. Сокращенные названия кафедр в кавычки заключать не нужно.
Запятая нужна.
Верно: в должности.
Справочники
§ 189. В официальных составных названиях органов власти, учреждений, организаций, научных, учебных и зрелищных заведений, обществ, политических партий и объединений с прописной буквы пишутся первое слово и входящие в состав названия имена собственные, а также первое слово включаемых в них названий других учреждений и организаций, напр.: Всемирный совет мира, Международный валютный фонд, Европарламент, Организация по безопасности и сотрудничеству в Европе, Федеральное собрание ...
...бюро обмена жилплощади, городское отделение связи, отдел...
...кадров, сектор учёта, правление жилищно-строительного...