Слова извини и прости часто употребляются как фразы (формулы) речевого этикета. В некоторых случаях они вполне взаимозаменяемы. В одной ситуации собеседник произносит фразу, в которой выражает сожаление по поводу своего поступка: извини / прости за опоздание / грубые слова / что подвел тебя / что так получилось. В другом случае при помощи вежливых слов извини(те) / прости(те) говорящий привлекает внимание других людей (обычно незнакомых): извините / простите, не будет ли у вас ручки? Однако если говорящему важно не просто выразить сожаление по поводу своего поступка (поступков), а обратиться к собеседнику с просьбой о прощении, то из двух обсуждаемых слов только одно способно выразить такую просьбу, а следовательно, ни о какой взаимозаменяемости не может быть и речи. В Прощеное воскресенье люди говорят друг другу: прости мне грехи вольные и невольные. Безусловно, в лаконичных словарных статьях не могут быть подробно описаны особенности употребления таких слов, как извинить и простить. Дополнительные сведения стоит искать в обширной литературе, посвященной речевому этикету, русской культуре.

Более корректен вариант с наступившим днем рождения. 

Знаки препинания стоят правильно. 

Корректное написание: Так, за опоздание учащихся на урок ОБЖ учитель потребовал надеть противогазы и находиться в них в течение урока.

Игорь, приведенный Вами пример можно оставить и без частицы НЕ, при этом неоднозначность не исчезнет: Ураган вызвал шторм. Так что такая версия вряд ли обоснованна. Напротив, старая норма предписывала использовать только родительный падеж при отрицании в подавляющем большинстве случаев.

Сама грамматическая проблема выбора падежа довольно сложная, имеет долгую историю. На эту тему существует множество научных исследований. Библиографию можно найти, например, в следующем издании: Граудина Л. К., Ицкович В. А., Катлинская Л. П. Словарь грамматических вариантов русского языка. М., 2008. С. 44-45.

А здесь - о современном употреблении: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=otr