Запрета на подобные формулировки нет, они широко распространены: ведомства, средства массовой информации, каналы могут сообщать, писать, заявлять, объяснять и т. д. В этом случае работает стандартный метонимический перенос: имеются в виду сотрудники этих учреждений. Допустимы разные варианты: можно сказать и сообщает Минтранс, и сообщают в Минтрансе.

Действительно, в разговорной речи фразы типа набрать тебя, набери меня могут заменять сочетания с глаголом звонить. Перенос метонимический.

Предложение корректно, хотя метонимический перенос (голубой = вещи голубого цвета) придает ему разговорный характер.

Вы приводите сведения о производных словах (не о значениях слов!). Как правило, помета "перен." ставится в тех случаях, когда семантическая связь между базовым и производным значениями  неочевидна (так, эта связь неочевидна между значениями 1 и 5 приведенного Вами примера). При таком понимании термина "переносное значение" (отсутствие семантически близкой, тесной связи между значениями базовым и производным) Ваше рассуждение верно. Однако возможно и другое прочтение: прямое значение - базовое, непроизводное; переносные значения - все, в которых присутствует (буквально!) метонимический или метафорический перенос (то есть все производные значения).

УВД, конечно же, неодушевленное существительное, но здесь мы наблюдаем метонимический перенос: организация – люди, работающие в этой организации. Другими словами, под УВД подразумевается "сотрудники УВД".