Запрета на такое использование квадратных скобок нет. Квадратные скобки используются в специальных текстах, например:
1) для обозначения фонетической транскрипции;
2) для объяснения этимологии слова;
3) при цитировании: для расшифровки сокращений или внесения в текст мелких примечаний, например: Он [Платон Каратаев] сам не знал и не мог определить, сколько ему лет (Л. Толстой);
4) для указания на источник цитирования, например: Типографское назначение пунктуации состоит в «расчленении целого текста на части с тем, чтобы представить текст не как аморфную массу символов, а в виде единиц, быстро и четко различаемых глазом» [Веденина Л. Г., 1975, 156] (Н. Шубина);
5) для того, чтобы избежать употребления двойных скобок одного рисунка, например: добавка «Кола» [краситель «Карамель» (Е150)].

Номенклатурные наименования смешанного буквенно-цифрового типа обычно употребляются в сочетании с нарицательным существительным, от которого и могут наследовать родовую характеристику, если в последующих высказываниях текста оказались в полном одиночестве. Говорить о самостоятельной родовой принадлежности цифрового имени (выраженного количественным числительным), даже если оно поддержано буквенным символом, не приходится. Терминологические традиции употребления номенклатурных наименований в профессиональной речи следует уточнять с опорой на тематическую литературу и рекомендации профильных специалистов.

Поясните службе русского языка, о каком Fe идет речь.

Это решение принято редакторами словаря, не редакцией портала. Решение оправданное: род аббревиатуры определяется по родовому слову: БАД - добавка, женский род. Но, как Вы справедливо замечаете, могут быть и исключения.

По нашему мнению, оборот с лишним обладает только основным значением "превышающий указанную точную величину на какую-то часть". Оттенки значения, о которых Вы говорите, возникают в контексте.