В таком случае вторую часть названия после тире склонять не следует: Руководителю Государственного казенного учреждения города Москвы — Центр организации дорожного движения Правительства Москвы.
Тире поставлено на месте пропущенного сказуемого выделяются (это тире в неполном предложении), запятыми выделен присоединительный оборот, заключающий в себе добавочные, сообщаемые попутно сведения (см. параграф 85 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Предпочтительно писать без кавычек, так как это общепринятое сокращение для названия института. Графическое оформление принятого названия не поменяется от того, что институт стал коммерческой организацией.
Названия ополчений символического характера, как и названия партий, движений и организаций, заключают в кавычки и первое слово пишут с прописной буквы, например ополчение «Красного тюльпана». При использовании названия или части названия для обозначения участников ополчения их следует писать со строчной буквы, но в кавычках: «верески» атаковали погранзаставу.
Запятые не нужны. В предложении Эти выше представленные материалы частично включены в статью «Сто лет вместе» газеты «Новые вести» отсутствуют обороты или конструкции, требующие обособления.