Верно: подать заявление о внесении изменений в индивидуальную программу реабилитации или абилитации ребёнка-инвалида. Предлог на употребляется со словом заявка, с которым не следует путать заявление.
Последние ответы справочной службы
При употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова опять же не являются вводными: В газировке содержатся пузырьки газа, которые опять же накапливаются у тебя в желудке.