Верно: подать документы в судебный участок мирового судьи; документы поступили в судебный участок.
Последние ответы справочной службы
При употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова опять же не являются вводными: В газировке содержатся пузырьки газа, которые опять же накапливаются у тебя в желудке.