Согласованное определение бедный действительно имеет здесь пояснительно-конкретизирующее значение и выделяется запятыми: От испуга Васька-кот, бедный, еле дышит. См. пункт 2 параграфа 48 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. 

Пунктуация при «встрече» присоединительного союза также и подчинительного союза (например, если) в начале предложения не описана в справочниках, и это не случайно: предложение вообще не рекомендуется начинать со слова также, о чем подробно можно прочитать в статье В. В. Кавериной. Если убрать это слово, смысл не пострадает: Если вы будете пить кофе, возьмите воды с лимоном. Если же по каким-либо причинам предложение редактировать нельзя (например, нужно дословно записать сказанные кем-то слова), то указанную запятую рекомендуем поставить.

Если частица пусть или да употреблена всего однажды в начале предложения, она может быть объединяющим элементом, например в предложении Да припомнятся Господом беззакония отцов его и не простится грех матери его! Если же частица употреблена дважды, то у каждой части она своя, и в этом случае она уже не объединяющий элемент, например: На суде да окажется он виновным, и сама молитва его да будет ему в грех!